從 PDF 複製一段文字，常常會夾帶斷行、漏掉符號，或混進隔壁欄位的句子。Markdown 提供的是可編輯、結構明確的文字，方便修正與重複利用，但擷取出來的內容並不因此就成為經過查證的證據。
一套實用的研究流程，會同時保留三樣東西：內容、文件結構，以及回到原始出處的路徑。無論你是替自己做筆記、蒐集引文，或建立可搜尋的資料庫，這三點都同樣重要。
打算編輯的內容，就選 Markdown
Markdown 很適合用來改寫筆記、重新編排章節、比對不同版本，以及在各種編輯器之間搬移文字。檔案本身是純文字，隨時都能直接閱讀。如果你主要的需求是用可調整的字級讀完一整本書，EPUB 可能更合適。
Markdown 無法重現 PDF 的每一個版面細節。橫跨整頁的圖表、頁邊的註記，或結構複雜的表格，可能都需要人工處理。版面配置、逐字引文與頁碼標註，還是要回頭對照 PDF。
CommonMark 規範定義了 Markdown 的核心語法。表格、數學符號與註腳則取決於目標應用程式額外支援的慣例。請在你實際會使用的編輯器裡檢查檔案，不要假設每個 Markdown 檢視器呈現的結果都一樣。
拿有代表性的文件來試，別只挑最簡單的一頁
先在 PDF 裡試著選取並複製一段文字。純影像的掃描檔需要 OCR；即使文字可以選取，閱讀順序也未必可靠。內容混雜的檔案，一般文字段落與掃描頁面都要分別檢查。
在 PDF Craft 的 PDF 轉 Markdown 工作區上傳 PDF、選擇 Markdown 輸出並送出。如果你需要的是原文語言的可用版本，請關閉翻譯。下載轉好的檔案，並在編輯前另外保留一份未更動的副本。
挑一段有代表性的內容來檢查：一段正文、一個標題、一張表格、一個公式（如果有的話），還有一則註記。光看乾淨的標題頁，看不出密密麻麻的雙欄論文會出什麼問題。處理長文件或重複處理之前，請先查看價格方案。
先核對大綱，再從中擷取結論
先只讀標題。標題應該如實反映文件的實際架構。每頁重複出現的頁首文字不該變成新的章節，視覺上很醒目的圖說也不該變成章節標題。
接著讀完一個完整的小節，檢查段落分界與清單層級，並確認論述跨越欄位或換頁時是否連貫。如果順序錯了，之後的摘要即使整理得再漂亮，也可能把論點之間的關係弄錯。
檢查表格時，要把表頭、列標籤、數值、單位與註腳當成一個整體來比對。某個數值跑到隔壁欄，不會因為表格看起來比較整齊就自動歸位。檢查公式時，請對照 PDF 確認符號、上下標、極限與公式編號，並在你的編輯器裡實際測試顯示效果。
參考文獻的資訊要保留到足以找回同一份作品：作者、標題、年份、DOI 或網址，以及實際引用處的頁碼位置。不確定的引用，不要憑記憶換成一個看起來很像的版本。
搬移輸出檔時，一併保留檔案與圖片素材
把 PDF、未經更動的轉檔結果、可編輯的副本，以及所有下載的圖片素材，放在同一個專案資料夾裡。如果 Markdown 檔參照的是本機圖片，請維持相對路徑可用。只搬移 .md 檔，圖片可能就留在原地了。
搬移或匯入之後，請重新開啟可編輯的副本，抽查幾張圖片、一張表格和一個公式，並實際點擊連結測試，不要以為匯入成功就代表什麼都沒漏。歸檔方式不必複雜，重點是半年後你還找得到原始出處。
在筆記開頭加上出處資訊：文件標題、版本或日期、原始檔名，以及相關頁碼範圍。印刷頁碼與 PDF 的頁面位置可能不同，重要段落請把兩者都記下來，不要直接把閱讀器目前顯示的頁數當成引用頁碼。
將自己的筆記與原文分開整理
讓「原文摘錄」、「我的摘要」與「待釐清的問題」在版面上清楚區隔。逐字引文要對照原文一字一句核對，並附上已確認的位置。改寫的內容同樣需要標明出處。
在匯入整批資料之前，先試著完成一則完整的筆記：包含一個論點、支持它的段落或表格、出處位置，以及你自己的解讀。然後只靠這則筆記去找回原始證據。如果找不到，趁著還熟悉這份文件時把出處補正。