轉換後文字裡出現上標，不代表註腳真的能用。要保住一則註腳，標記、它的說明，以及它所補充的那段正文，三者之間的對應關係必須還在。Markdown 還多一層問題：你的編輯器看得懂用來表達這層關係的寫法嗎？
先確認原始文件裡的對應關係，再動手整理檔案。一個看起來正確的編號，如果接上了錯誤的說明，往往比整則註腳不見更難察覺。
核對標記與完整註釋
在原始正文挑一個標記，把它對應的註釋整段讀完。然後在 Markdown 裡把兩者都找出來，確認說明的起點和終點一致，引文、限定語或續接內容也都還在。
接著反過來做：從轉換結果裡的一則註釋出發，找出它在原文中說明的是哪一句。這種反向核對常能揪出重複的註釋，或是被留下來卻對不到任何正文的說明。
樣本裡至少要包含一則短註、一則長註，以及一則帶引文的註。只檢查已經建立連結的註腳，是找不到整則被漏掉的註腳的。也請翻一下原始 PDF 的頁面；這篇註腳檢查文章說明了為什麼要從更大的範圍來看。
分清標籤與真正可用的連結
有些 Markdown 實作支援「引用加定義」形式的註腳。手寫的示範如下：
The passage includes a qualification.[^sample]
[^sample]: The full explanatory note belongs here.
這個例子只是示範一種慣例，並不代表 PDF Craft 輸出的固定格式。CommonMark 本身並沒有為所有 Markdown 渲染器統一規定註腳語法。你用的應用程式可能支援某種擴充語法，也可能把語法原樣顯示成文字，或採用另一種排法。
如果匯出結果用的是普通文字或連結，就先檢查它實際長什麼樣子，不要急著改成另一種語法。重新編號標籤時，標記和定義必須一起改，否則引用會斷掉。
編號按章重新開始時要特別留意。兩個印出來的註腳「1」可能指涉不同的註釋。即使你決定改用新的內部識別碼，工作用的 Markdown 也必須保留這個區別。
追蹤跨頁的長註
一則註釋可能從某一頁 PDF 的頁尾開始，延續到下一頁。判斷註釋在哪裡結束之前，先把第一頁最後一行和下一頁的續接內容對照著看。
頁首、頁碼和下一段正文都可能被誤認成註釋的一部分；反過來說，續接內容也可能被併進正文。要讀夠前後文，確認這段文字到底屬於哪裡，不要只因為位置相鄰就把它們接在一起。
如果是章末註，就檢查放置定義的那一節，並從好幾個章節回查它的引用。文件末尾出現一份清單，並不代表每個標記都對到了正確的條目。
審查紀錄裡請記下頁碼和章節位置，尤其是同一組編號重複出現的時候。
在實際使用的編輯器裡預覽與測試
用你打算長期保存這份 Markdown 的編輯器打開它。點一個標記，讀完跳過去的註釋，再回到原本那句。如果編輯器提供返回連結，確認它會回到正確的那一處。
以 Obsidian 為例，它支援的擴充語法寫在官方 Markdown 參考文件裡。但這個編輯器支援，不代表別的發佈系統會用同樣方式處理同一種語法。
如果註釋被顯示成程式碼或普通標點，先查語法支援，再考慮改內容。如果點開後跳到錯誤的說明，就回頭檢查原文的對應關係。呈現問題和辨識錯誤要用不同的方法修。
建立工作檔案時保住註腳
在 PDF Craft 的 Markdown 工作流程中，選擇 Markdown，送出前先看一下與註腳有關的設定。下載轉換完成的檔案，把它的註腳和原始 PDF 對照。複雜的註腳即使辨識出來也還需要人工檢查，不要預設每個跨頁對應都正確。
把段落摘進研究筆記時，引文要連同必要的註釋一起帶走，並記下原始頁碼。只複製標記而漏掉註釋，作者原本的意思可能就保不住了。
未經修改的匯出檔請和校對後的版本分開存放。完成的 Markdown 應該讓你從一段補充說明追溯到原本的句子和文件，而不是只排出一串整齊好看的上標。