Надстрочный индекс в сконвертированном тексте ещё не означает, что сноска работает. Чтобы примечание сохранилось, маркер, его пояснение и фрагмент, к которому они относятся, должны оставаться связанными. В Markdown добавляется ещё один вопрос: понимает ли ваш редактор ту запись, которой эта связь обозначена?
Прежде чем перестраивать файл, проверьте, как элементы связаны в исходнике. Правильно выглядящий номер, приставленный к чужому пояснению, заметить труднее, чем пропавшую сноску.
Сверьте маркеры с полными определениями
Выберите маркер в исходном тексте и прочитайте примечание целиком. Найдите и то и другое в Markdown. Убедитесь, что пояснение начинается и заканчивается там же, где в оригинале, и что на месте все ссылки, уточнения и продолжения.
Теперь пройдите в обратном направлении: возьмите примечание в результате и найдите предложение, которое оно поясняет. Такая проверка помогает выявить продублированные примечания или определения, оставшиеся без осмысленной отсылки.
Включите в выборку короткое примечание, длинное и хотя бы одно со ссылкой на источник. Если просматривать только сноски, которые уже связаны, полностью пропущенное примечание так и останется незамеченным. Заодно посмотрите на страницу исходного PDF: в статье о проверке сносок объясняется, почему важен такой более широкий взгляд.
Отличайте обозначения от работающих ссылок
Некоторые реализации Markdown поддерживают сноски в виде пары «отсылка — определение». Вот пример, написанный вручную:
The passage includes a qualification.[^sample]
[^sample]: The full explanatory note belongs here.
Этот пример показывает принятое соглашение, а не точный формат вывода PDF Craft. Сам CommonMark не задаёт единого стандарта сносок для всех обработчиков Markdown. Программа, в которой вы открываете файл, может поддерживать расширение, показывать синтаксис как обычный текст или работать иначе.
Если при экспорте получились обычный текст или ссылки, разберитесь, как устроено это представление, и не переделывайте его сразу под другой синтаксис. При перенумерации обозначений ссылки могут перестать работать, если маркер и определение не меняются вместе.
Обратите внимание на нумерацию, которая начинается заново в каждой главе. Два напечатанных номера «1» могут относиться к разным примечаниям. В рабочем Markdown это различие нужно сохранить, даже если вы решите задать новые внутренние идентификаторы.
Проследите длинные примечания через границы страниц
Примечание может начинаться внизу одной страницы PDF и продолжаться на следующей. Прежде чем решать, где оно заканчивается, сравните последнюю строку примечания на первой странице с его продолжением на следующей.
Колонтитулы, номера страниц и следующий абзац легко принять за часть примечания. Бывает и наоборот: продолжение попадает в основной текст. Читайте окружающий текст, чтобы понять, чему принадлежит фрагмент, а не склеивайте куски только потому, что они стоят рядом.
Если в документе концевые примечания, просмотрите раздел с определениями и проверьте его отсылки по нескольким главам. Простой список в конце документа ещё не доказывает, что каждый маркер ведёт к нужному пункту.
Записывайте в ходе проверки номера страниц и глав, особенно если одна и та же нумерация встречается несколько раз.
Проверьте отображение в том редакторе, где будете работать
Откройте Markdown там, где собираетесь его хранить. Нажмите на маркер, прочитайте примечание и вернитесь к предложению. Если редактор умеет возвращать к месту отсылки, проверьте, что вы попадаете именно туда, где стоит маркер.
Например, Obsidian описывает поддерживаемые расширения в справочнике по Markdown. Поддержка в этом редакторе не значит, что другая издательская система обработает тот же синтаксис так же.
Если примечание отображается как код или как обычные знаки препинания, сначала проверьте, поддерживается ли такой синтаксис, и только потом меняйте содержимое. Если открывается не то пояснение, вернитесь к сопоставлению с исходником. Ошибки отображения и ошибки распознавания исправляются по-разному.
Сохраняйте примечания при подготовке рабочего файла
При конвертации PDF в Markdown с помощью PDF Craft выберите Markdown и просмотрите настройки, связанные со сносками, прежде чем запускать обработку. Скачайте готовый результат и сравните примечания с исходником. Распознавание сложных примечаний по-прежнему требует проверки: не считайте, что все связи через границы страниц установлены верно.
Когда вы переносите фрагменты в заметки для исследования, берите вместе с цитатой нужное определение и записывайте исходную страницу. Маркер, скопированный без примечания, может больше не передавать мысль автора.
Храните неотредактированный экспорт отдельно от исправленной копии. Готовый Markdown должен позволять проследить уточнение до исходного предложения и исходного документа, а не просто показывать аккуратную последовательность надстрочных индексов.