雙欄論文的文字可能每個字都辨識正確，排列順序卻完全錯亂。擷取出來的內容可能從左欄開始，跳到右欄的圖說，再回頭補完原本那句話。這種問題光靠校正錯字救不回來，因為論述的脈絡已經斷了。
檢查閱讀順序時，要把每個區塊當成彼此有先後關係的單位來看。你需要在轉檔結果旁邊放著原始 PDF 對照，只靠拼字檢查和字數統計是不夠的。
為單一頁面畫出一條閱讀路線
挑一頁有雙欄正文、一個標題，以及至少一張圖或表格的頁面。按照作者預期的順序讀一遍。以傳統由左至右排版的論文來說，通常是先讀完左欄、再讀右欄，但跨欄標題和圖片會打斷這個規律。
在筆記裡寫下簡短的路線，例如：
章節標題 → 左上段落 → 左下段落 → 右上接續段落 → 下一節。
這份路線是你的檢查依據，並不代表每個 PDF 的內部編碼方式都一樣。有些頁面會在一欄與兩欄之間切換；摘要可能橫跨整頁，即使後面的章節並不是這樣排。
接著在轉出的文字裡找出每個對應段落的開頭幾個字，確認順序是否吻合。如果不吻合，先找出兩個版本最早出現分歧的位置，不要隨意搬動段落。
把跨欄標題視為分界
橫跨兩欄的標題通常代表一個新的閱讀區塊。檢查轉檔結果把它放在哪裡：是在兩欄之前、左欄中途，還是排在其實應該位於它下方的文字之後。
比對標題前一段和標題後第一段。標題單獨看可能沒錯，實際上卻把不該相連的兩個區塊接在一起。連續幾頁頁首的書眉標題也是常見的陷阱：擷取工具可能把它當成重複出現的章節標題。
如果論文裡有獨立方框，要把正文論述和方框內的文字分開來看。不要因為兩者在版面上的垂直位置重疊，就把定義或補充說明插進一句毫不相干的句子中間。
檢查圖表插入文字的位置
沿著「見圖 3」這類參照，找到實際的圖和它的圖說。即使圖說在重排後的輸出裡換了位置，也應該和那張圖保持對應。
寬表格可能夾在頁面的上下兩半之間。檢查表格後面的文字是延續左欄、開始新的小節，還是接回右欄。轉檔結果可能保留了表格裡的每個數值，卻把整張表塞進某個段落中間。
抽樣檢查每張圖時，比對以下幾項：
- 圖的編號，以及正文中引用它的地方。
- 圖說的開頭與結尾。
- 理解這張圖所需的標籤。
- 插入位置前後緊鄰的段落。
不要只憑圖片在版面上的距離遠近來判斷。作者有時會在圖片所在頁面的前後才討論它。
檢查段落之間的銜接，不只看段落內部
多數順序錯誤都會在交界處露出來。讀左欄最末兩句和右欄最前兩句，接著再跨頁做一次同樣的檢查。
留意主詞突然改變、代名詞找不到指涉對象、公式沒有先說明就出現，或圖說被嵌進句子裡。印刷行末的連字號可能只是把一個單字接起來，也可能是複合詞本來就有的連字號。要對照原始檔案之後再決定怎麼還原。
做一份精簡的紀錄：原始 PDF 頁碼、段落開頭、錯誤的相鄰段落、正確的相鄰段落，以及你打算怎麼修正。這樣一來，你就能分辨某個圖說只是單獨放錯位置，還是整篇論文都有重複出現的排序問題。Markdown 閱讀順序疑難排解指南就是從這些輸出症狀開始檢查。
要修內容選 Markdown，要閱讀選 EPUB
需要搬動區塊、還原標題，或在編輯器裡整理研究筆記時，PDF 轉 Markdown 會比較好用。上傳 PDF、在任務設定中選擇 Markdown，然後送出轉檔。PDF Craft 會處理版面分析和文字辨識，包括多欄內容，但複雜頁面仍然需要人工檢查。
如果主要目的是長時間閱讀、而且希望文字能隨螢幕調整，就選 EPUB。重排會改變位置，所以拿頁碼和紙本一一對照並不是合理的驗收標準，應該改為比對內容順序。不論選哪種輸出格式，圖表和引用文獻都要以原始 PDF 為準。
把結果匯入筆記庫之前，不要只看第一頁乾不乾淨。請抽樣檢查一個跨欄標題、一頁密集的雙欄內容、一張寬表格，以及文件結尾。接著可以照著研究用的 Markdown 工作流程，把原始檔和筆記一起保存下來。