Markdown 文件在 Obsidian 裡打開，插圖卻不見了。筆記是匯進來了，但連結所指的檔案沒跟著搬過來。PDF 轉 Markdown 的結果，應該視為內容加上它實際用到的資源，不能直接當成一個不需要其他檔案就能使用的文字檔。
以下流程把 Obsidian 當作外部的筆記軟體使用。PDF Craft 不會自動把匯出結果同步到你的 vault。
移動之前先檢查下載內容
從 PDF Craft 下載轉換完成的 Markdown 結果，先看看拿到的是什麼。如果是壓縮檔，先解壓縮。找出主要的 Markdown 文件，確認它引用的是本機資源、遠端網址，還是兩者都有。不要假設每次轉換用的資料夾名稱都一樣。
用文字編輯器打開 .md 檔，找一個圖片引用。從它的目標路徑就能看出哪些資源必須跟著它一起移動。像 images/figure-1.png 這種路徑是相對於該 Markdown 檔的位置，並不是叫 Obsidian 自動去下載原始 PDF 裡的圖。
另外留一份未經改動的下載副本。如果搬移或重新命名的過程中弄壞了連結，你可以拿原始結構來比對，不必重新轉換 PDF。
把文件放進規劃好的 vault 位置
為原始素材挑一個資料夾，例如每篇論文或每本書各一個。Obsidian 的 Markdown 匯入說明 提到，可以透過它的檔案瀏覽器加入檔案，或用系統的檔案管理器把檔案複製進 vault。請照你裝置上支援的方式操作。
把 Markdown 和它需要的資源一起移動，並維持彼此的相對結構。不要把所有專案的圖片都丟進同一個目錄，還取成 image1.png 這類檔名；名稱相同會互相覆蓋，事後也很難追查來源。
Obsidian 另有針對新加入附件的附件位置設定。但這些設定不代表匯入的 Markdown 裡既有的路徑都已被改寫。在重新整理資源資料夾之前，先確認實際匯入的引用長什麼樣子。
在 vault 裡檢查標題、連結與圖片
在閱讀檢視中打開筆記，看一下大綱。標題應該對應原文的章節，而不是每一頁重複出現的頁首文字。接著依序點一個章節內部連結、一個筆記參照，以及一個外部引用。
看一張開頭附近的圖片，再看一張文件後段的圖片。把每張圖說和圖表引用跟原始 PDF 對照。筆記裡看得到縮圖，不代表完整圖片或圖上的重要標註就完好無缺。
如果圖片沒顯示出來，檢查連結的大小寫、副檔名和資料夾位置。判斷它要的是本機檔案還是網路請求。本機路徑壞掉時，不要默默換成網路上不相干的圖片了事。
附件行為的細節請參考 Obsidian 的附件說明。檔案處理的整體問題，可看 Markdown 圖片資源。
讓引文與原始 PDF 保持對應
加一則簡短的來源筆記，寫下標題、作者或出版者、版次或日期、原始檔名，以及相關頁碼位置。如果印刷頁碼和 PDF 檢視器的頁數不一致，把這個差別記下來。
把原始 PDF 放在研究流程中隨時可取用的固定位置。如果它放在 vault 之外，先想清楚把 vault 搬到另一台裝置時會怎樣。在一台電腦上能用的連結，換到別處未必解析得到。
引用轉換後的段落之前，先跟 PDF 核對。OCR 辨識錯的文字，照樣能被索引、被搜尋到，跟正確的文字沒兩樣。筆記搜得到，不代表引文已經核實。
檢查過後，把匯入內容整理成可用的筆記
來源筆記確認沒問題後，再針對你需要的想法建立較短的筆記。把出處和頁碼一起帶過去，不要只把孤立的說法貼進不相干的檔案。
表格要保留標題、單位，以及任何補充說明。公式則要同時檢查運算式和顯示端的算繪結果，確認無誤再採用。別讓整理過程把一段本來不確定的文字，變成看起來已經定論的事實。
PDF 轉 Markdown 的研究流程 和 掃描書籍筆記指南 說明了接下來這個階段。先做到能重複匯入：關掉 vault 再重新打開之後，筆記、資源，以及回到 PDF 的路徑，都還能正常運作。