双栏论文转换后，每个词都认得出来，顺序却可能是错的。提取出的文字也许从左栏开始，跳到右栏的图注，再回来接着写原来的句子。这种问题靠改拼写修不好，论证的链条已经断了。
检查阅读顺序，要看各个内容块之间的先后关系。手边得放着原始 PDF 和转换结果对照，光靠拼写检查和字数统计不够。
在一页上画出一条阅读路线
挑一页，上面有两栏正文、一个标题，还有至少一张图或一张表。按作者原本的意图读一遍。常规的从左到右排版的论文，通常先读左栏到底，再读右栏，但通栏标题和插图会打断这个顺序。
在笔记里写下一条简短的路线，例如：
章节标题 → 左上段落 → 左下段落 → 右上接续段落 → 下一节。
这是你复查用的地图，不代表每个 PDF 都按这种方式编码。有些页面在单栏和双栏之间切换；摘要可能横跨整页，后面的章节却不是。
在转换后的文本里找到每个已标记段落开头的几个词，确认顺序是否一致。如果不一致，先找出两个版本最早出现分歧的位置，不要随意挪动段落。
把通栏标题当作分界
横跨两栏的标题通常开启一个新的阅读区域。检查转换结果把它放在了哪里：两栏之前、左栏中间，还是放在了本该属于它下面的文字之后。
对比标题前的一段和标题后的第一段。标题单看可能没问题，实际上却被放在了错误的两个段落之间。连续几页顶部的书眉也是容易出错的地方：提取工具可能把它们当成重复出现的章节标题。
论文里如果有独立的信息框，要把正文论证和框内的文字分开。不要因为两者在版面上的纵向位置有重叠，就把一条定义或补充说明插进一句不相干的句子里。
检查图和表插入正文的位置
顺着“见图 3”这样的引用，找到对应的插图和图注。图注应当始终跟着那张图，即使它在重排后的输出里换了位置。
宽表格可能夹在一页的上下两半之间。要检查表格后面的文字是接着左栏往下写、开始了新的小节，还是回到右栏继续。转换结果可能保住了表格里的每一个数值，却把整张表塞进了一个段落中间。
每抽查一张图，都比对以下几项：
- 图的编号，以及正文中引用它的地方。
- 图注的起止位置。
- 理解这张图所需的标注。
- 插入位置前后的段落。
不要只凭图片在版面上的远近来判断。作者有时会在图所在页之前或之后讨论这张图。
跨过衔接处去读，不只读段落内部
顺序上的毛病大多在交界处暴露。读左栏末尾两句和右栏开头两句，再跨过换页处做同样的检查。
留意这些迹象：话题突然转变、代词没有先行词、公式出现前没有引出、图注被嵌进了句子中间。印刷行末的连字符可能只是把单词断开，也可能本来就属于一个复合词。只有对照原文确认之后，再去掉或保留它。
做一份简短的记录：原始 PDF 的页码、段落开头、错误的相邻段落、应有的相邻段落、建议的修改。这样你能分清是某处图注放错了位置，还是整篇论文都存在重复出现的排序问题。Markdown 阅读顺序排查指南就是从这些输出症状入手的。
需要修改就选 Markdown，需要阅读就选 EPUB
需要挪动内容块、恢复标题，或者在编辑器里整理研究笔记时，PDF 转 Markdown 更合适。上传 PDF，在任务设置里选择 Markdown，然后提交转换。PDF Craft 会处理版面分析和文字识别，包括多栏内容，但复杂的页面仍然需要人工检查。
如果主要目的是长时间阅读、并且希望文字能随屏幕调整，就选 EPUB。重排会改变位置，所以拿页码和印刷版一一对应来验收并不合适，应该比较内容的先后顺序。无论选哪种输出，都要保留原始 PDF，用来核对插图和引用。
把结果导入笔记库之前，别只看干净的第一页。抽一页通栏标题、一页密集的双栏正文、一张宽表格，再看看文档结尾。然后按照面向研究的 Markdown 工作流程操作，把原始文件和你整理的笔记放在一起保存。