Markdown 文档在 Obsidian 里能打开，插图却不见了。笔记是导进来了，但链接指向的文件没跟过来。PDF 转 Markdown 的结果应当看作正文加上它实际用到的资源，而不是一个天然自足的单文件。
下面的流程把 Obsidian 当作外部笔记软件使用。PDF Craft 不会自动把导出结果同步进你的仓库。
先看清下载了什么，再动手搬
从 PDF Craft 下载转换好的 Markdown 结果，先看看里面有什么。如果是压缩包，先解压。找到主 Markdown 文档，确认它引用的是本地资源、网络地址，还是两者都有。不要以为每次转换用的文件夹名都一样。
用文本编辑器打开 .md 文件，找一个图片引用。看它指向哪里，就知道哪些资源必须跟它一起走。像 images/figure-1.png 这样的路径是相对于这个 Markdown 文件的，并不是让 Obsidian 去自动下载原 PDF 里的插图。
留一份没动过的下载副本。万一移动或改名弄坏了链接，可以拿它和原始结构对照，不必重新转换 PDF。
把文档放进仓库里一个明确的位置
给原始材料选一个文件夹，比如每篇论文或每本书各占一个。Obsidian 的 Markdown 导入文档介绍了两种做法：通过文件浏览器添加文件，或用系统的文件管理器把文件复制进仓库。按你设备上支持的方式操作。
移动时把 Markdown 和它需要的资源一起搬，保持相对结构不变。不要把所有项目的图片都堆进一个目录，文件名还都叫 image1.png 之类；重名会互相覆盖，事后也很难追溯来源。
Obsidian 有附件存放位置的设置，但它只管新加入的附件。导入的 Markdown 里已有的路径不会因此被改写。整理资源文件夹之前，先核对笔记里实际的引用。
在仓库里检查标题、链接和图片
用阅读视图打开笔记，看大纲。标题应当对应原文的各个章节，而不是把每页重复的页眉都收进来。然后依次点一个章节内跳转、一个笔记引用和一个外部引文链接。
看一张靠前的图片，再看一张靠后的。把图注和正文里的图号与原 PDF 逐一对照。笔记里能显示缩略图，并不说明整张图完好，也不说明图上的关键标注还在。
图片显示不出来时，检查链接的大小写、扩展名和所在文件夹。判断它要的是本地文件还是网络请求。本地路径坏了，不要悄悄换一张网上不相干的图片顶上去。
附件在 Obsidian 里的具体行为，见 Obsidian 附件指南。文件处理的通用问题，见 Markdown 图片资源。
让引文始终能对回原 PDF
写一条简短的来源说明，记下标题、作者或出版方、版次或日期、原始文件名，以及相关页码。如果书页上印的页码和 PDF 阅读器里的页数对不上，把两者的差别写清楚。
把原 PDF 放在研究时随时能打开的位置。如果它不在仓库里，想一想仓库换到另一台设备上会怎样。在一台电脑上能用的链接，换台机器可能就打不开了。
引用转换后的段落之前，先和 PDF 对一遍。OCR 识别错的文字照样能被索引和检索到，和正确文字没什么两样。笔记能搜到，不等于引文已经核对过。
检查无误后，把导入的内容变成自己的笔记
来源笔记能正常用了，再按需要拆出更短的笔记。带上出处和页码，不要把孤立的论断直接粘进不相干的文件。
表格要连同表头、单位和附注一起保留。公式要同时核对表达式和渲染效果，确认无误再依赖它。整理时别把一段本来拿不准的文字，写成看起来板上钉钉的事实。
后续怎么做，见 PDF 转 Markdown 的研究流程和扫描书的笔记整理指南。先把导入这一步做扎实：关掉仓库再重新打开，笔记、资源和回到 PDF 的路径都还应该能用。